本所創設於1992年，原名為漁業經濟研究所，2001年奉准更名為應用經濟研究所。本所之設立，旨在為國家培養具海洋經濟專業領域與能力之碩士畢業生，並為國家海洋經濟政策之智庫。本所碩士班畢業生授予商學碩士，英文學位用語為MBA。歷屆畢業生在海洋經濟、國家考試、產業研究、漁農業與財務金融各領域表現極為優異。

　　本所畢業生就業成果優良且具有優勢，深獲雇主肯定外，本所(校)畢業生之公司負責人與主管深知本所畢業生能力優秀具高尚品格，常請推薦本所未來畢業生就業。故本所畢業生未來就業之人脈網絡甚廣。

　　解決臺灣目前經濟問題，新的成長動力就是海洋經濟，國際間亦是如此，因此未來數十年國內外均特別需要海洋經濟的人才，而本所特色為：全國唯一具海洋經濟特色領域之應用經濟研究所，最為切合未來臺灣經濟重新起飛再次蓬勃發展之人才所需，就業較其他應用經濟研究所更具有優勢。

　　除了原本應用經濟之學養外，臺灣擁有海洋豐富的稟賦，本所充分發展與海洋經濟相關之課程與專業研究領域，對臺灣面對海洋經濟問題時提供經濟評估與政策建言，累積二十餘年豐富處理海洋經濟之經驗，已成為政府重要的海洋經濟智庫。

　　本所在教學及研究以理論與實務並重，本所教師除在校積極從事教學及研究之外，與官、產、學界進行學術與產業之應用與實務合作，擔任國內外重要各海洋組織之重要職務，並應國家委託進行海洋經濟研究計畫，教師的專業與研究領域高深且接觸國內外最新海洋經濟發展，對本所教學、研究、指導研究生撰寫論文裨益良多。

　　本所設有多媒體教室、視聽設備齊全的會議室及可容納50餘人的演講廳；本所五位教師均建立與應用經濟、海洋經濟相關之特色研究室，研究生均配備最新規格之個人電腦一套，個人書桌、個人書櫃等，以「個人研究小間」為設計理念。

　　本所地處本校最高點，背山面海，環境安靜清幽，戶外即是美麗的海景與基隆嶼，研究生在本所學習、研究與撰寫論文有著全國最佳與最美的環境。